Stjórn Byggðastofnunar er kjörin á ársfundi stofnunarinnar til eins árs í senn skv. 3. gr. laga um Byggðastofnun nr. 106/1999. Sjö einstaklingar eru kjörnir í stjórn og sjö til vara. Ráðherra byggðamála skipar formann og varaformann og ákveður þóknun stjórnar.
Stjórn Byggðastofnunar ber ábyrgð á starfsemi stofnunarinnar og stefnumótun hennar sem og áhættustefnu og að til staðar sé virkt kerfi innra eftirlits sem samræmist lögum um fjármálafyrirtæki og reglum settum með stöð í þeim.
Stjórn Byggðastofnunar var skipuð á ársfundi stofnunarinnar þann 27. apríl 2023 og í henni sitja:
Aðalmenn:
- Halldóra Kristín Hauksdóttir, formaður,
- Rúnar Þór Guðbrandsson, varaformaður,
- Gunnar Þorgeirsson,
- Óli Halldórsson,
- Karl Björnsson,
- María Hjálmarsdóttir,
- Jónína Björk Óskarsdóttir.
Varamenn:
- Katrín Sigurjónsdóttir,
- Garðar Freyr Vilhjálmsson,
- Lilja Björg Ágústsdóttir,
- Guðný Hildur Magnúsdóttir,
- Valgerður Rún Benediktsdóttir,
- Valgarður Lyngdal Jónsson,
- Sigurjón Þórðarson.
Skipunartími stjórnar er fram að næsta ársfundi stofnunarinnar sem halda skal fyrir 1. júlí 2024.