Utanríkisráðherra hefur skipað verkefnisstjórn til að fara með stjórn Varnarmálastofnunar og bera ábyrgð á daglegum rekstri hennar frá 1. september til áramóta er stofnunin verður lögð niður. Á þessu tímabili er ráðgert að verkefni Varnarmálastofnunar verði samþætt hlutverki annarra opinberra stofnana í samræmi við áform ríkisstjórnarinnar um endurskipulagningu opinberrar þjónustu. Getur verkefnisstjórnin gert tillögur til utanríkisráðherra um ráðstöfun verkefna, sbr. varnarmálalög nr. 34/2008 eins og þeim hefur verið breytt með lögum nr. 98/2010. Samkvæmt lögunum skulu ríkisstofnanir sem taka við verkefnum Varnarmálastofnunar bjóða því starfsfólki sem fæst við þau verkefni starf fyrir 1. janúar 2011

Í verkefnisstjórninni sitja Guðmundur B. Helgason, formaður, fyrir hönd utanríkisráðuneytis; Anna Jóhannsdóttir fulltrúi forsætisráðuneytis, Halla Gunnarsdóttir fyrir hönd fjármálaráðuneytis; Valur Ingimundarson fyrir hönd dómsmála- og mannréttindaráðuneytis; og Margrét S. Björnsdóttir, fulltrúi samgöngu- og sveitarstjórnarráðuneytis.

Verkefnisstjórnin er fjölskipað stjórnvald og ber sömu ábyrgð og forstöðumenn og stjórnir ríkisaðila, sbr. 49. gr. laga nr. 88/1997 um fjárreiður ríkisins. Samsetning verkefnisstjórnarinnar endurspeglar þá stefnumörkun ríkisstjórnarinnar að samræma ákvörðun um að leggja Varnarmálastofnun niður við áform um stofnun innanríkisráðuneytis með sameiningu samgöngu- og sveitarstjórnarráðuneytis og dómsmála- og mannréttindaráðuneytis.