Hlutverk deildar tvíhliða málefna er að efla samskipti og samráð milli ráðuneytisins og tvíhliða sendiráða Íslands. Deildin sinnir sérstökum verkefnum sem henni eru falin af yfirstjórn, s.s. umsjón með starfsáætlunum sendiráða og að víkka og þétta net kjörræðismanna Íslands um allan heim í samvinnu við yfirstjórn, málefnaskrifstofur og sendiráð. Í deildinni starfa sjö heimasendiherrar sem fara með fyrirsvar gagnvart ríkjum, auk þess að sinna ýmsum sérverkefnum í umboði annarra skrifstofa.