Nýdoktor í þróunar- og stofnerfðamengjafræði

Staða nýdoktors í þróunar- og stofnerfðamengjafræði (post-doc) við Líf og umhverfisvísindastofnun Háskóla Íslands

Þróunarfræði og stofnerfðamengjahópur Einars Árnasonar við Líf- og umhverfisvísindastofnun Háskóla Íslands auglýsir eftir umsóknum um stöðu nýdoktors. Rannsóknaverkefnið er um greiningu gagna úr raðgreiningum heilla erfðamengja úr þorskfiskum með háa frjósemi. Við leitum að áhugasömum einstaklingi með góða tölvukunnáttu með reynslu af vinnu á Linux stýrikerfi. Viðkomandi þarf að hafa mikinn áhuga á þróunar- og stofnerfðamengjafræði til að greina og túlka viðamikil gögn úr heilum erfðamengjum þorskfiska. Verkefnið snýst meðal annars um að skilja æxlunarmynstur þorska, tegundamyndun og hvaða erfðaþættir kunna að vera undir sterku náttúrlegu vali.

Rannsóknir okkar fjalla um að skilja ferla þróunar í lífverum með háa frjósemi og eru þorskfiskar rannsóknarviðfang okkar. Við hlutum öndvegisstyrk Rannsóknasjóðs nýverið og ætlum við að búa til einstök gögn með raðgreiningum heilla erfðamengja margra einstaklinga úr ýmsum stofnum þorskfiska. Slík gögn lofa góðu til að auka skilning okkar á gangvirkjum náttúrlegs vals, tegundamyndunar og aðlögunar í villtum stofnum. 

Öndvegisverkefnið er samstarfsverkefni Einars Árnasonar og Katrínar Halldórsdóttur við Líf- og umhverfisvísindastofnun Háskóla Íslands, Alison Etheridge við tölfræðideild Oxford háskóla og Wolfgang Stephan og Bjarka Eldon við Leibniz stofnunina í þróunarfræði og fjölbreytileika í Berlín. Meðal samstarfsaðila eru Montgomery Slatkin og Rasmus Nielsen við Berkeley háskólann í Kaliforníu, Fernando Racimo við miðstöð GeoGenetics við háskólann í Kaupmannahöfn og Tim Sackton í lífupplýsingafræði við Harvard háskóla.

Verkefni nýdoktors verður unnið við Líf- og umhverfisvísindadeild HÍ í náinni samvinnu við Katrínu Halldórsdóttur, Einar Árnason og Bjarka Eldon í Berlín. Verkefnið er þverfræðilegt og sameinar nýjustu tækni í sameindaerfðafræði og nýjustu aðferðir í greiningum í tölfræði og lífupplýsingafræði. Við leggjum áherslu á gott samstarf og samvinnu milli allra þátttakenda. Starfinu fylgir því möguleiki á að heimsækja og dvelja um hríð í rannsóknahópum samstarfsaðila í Berlín, Berkeley, Kaupmannahöfn, Oxford og Cambridge (MA). Við gerum ráð fyrir að nýdoktorinn (I) vinni að hugmyndum sem verkefnið hefur þegar skilgreint og (II) þrói nýjar hugmyndir og nýjar aðferðir til að greina og skilja gögnin.

Menntunar- og hæfniskröfur
-Doktorsgráða í reiknilíffræði, þróunarfræði eða stofnerfðafræði eða skyldum greinum
-Staðfest geta til að stunda rannsóknir á formi birtra greina og kynninga á vísindaráðstefnum
-Hæfileiki til að vinna sjálfstætt og í teymi
-Kunnátta til að skrifa og tala ensku
-Reynsla af vinnu í UNIX/Linux umhverfi
- Mikill áhugi á þróunarfræði og stofnerfðamengjafræði er kostur
- Reynsla í að greina gögn úr raðgreiningjum heilla erfðamengja er kostur- Forritunarkunnátta, t.d. í Python, R, Perl, C, C++, er kostur


Hvernig sækja á um
Sótt er um starfið á vefsíðu Háskóla Íslands. 
Vinsamlegast látið eftirfarandi fylgja umsókn:
i)  1-3 blaðsíðna bréf sem lýsir áhuga þínum á verkefninu, lýsingu á því að hvaða leiti þú ert hæf(ur )fyrir verkefnið og hugmyndir þínar um hvernig þú gætir stuðlað að framgangi verkefnisins.
ii) Ferilskrá (Curriculum Vitae) með lista yfir birtar greinar 
iii) afrit af B.Sc. og M.Sc. skírteinum með lista yfir námskeið tekin í framhaldsnámi
iv) Nöfn og tölvupóstföng tveggja til þriggja umsagnaraðila sem geta gefið umsögn um umsækjanda

Tímasetning og samningur
Umsóknarfrestur er til 16. júlí 2018.
Starfið gæti hafist í júlí 2018, eða síðar eftir samkomulagi, og styrkur er tryggður til ársloka 2020. Staðan er fullt starf.
Öllum umsóknum er svarað og öllum umsækjendum verður tilkynnt þegar niðurstaða er fengin. Umsóknir gilda í sex mánuði frá umsóknarfresti.
Laun eru samkvæmt kjarasamningi hlutaðeigandi stéttarfélags og fjármálaráðherra.

Frekari upplýsingar
Vinsamlegast hafið samband við Einar Árnason ([email protected]) ef frekari upplýsinga er óskað.

Nokkrar greinar sem tengjast verkefni

Einar Árnason and Katrín Halldórsdóttir. 2015.  Nucleotide variation and balancing selection at the Ckma gene in Atlantic cod: analysis with multiple merger coalescent models. PeerJ e786. doi:10.7717/peerj.786
Bjarki Eldon and John Wakeley 2006. Coalescent processes when the distribution of offspring number among individuals is highly skewed. Genetics 172:2621-2633. doi:10.1534/genetics.105.052175
Bjarki  Eldon,  Matthias Birkner,  Jochen Blath  and Fabian Freund 2015. Can the site-frequency spectrum distinguish exponential population growth from multiple-merger coalescents? Genetics  199: 841-856. doi:10.1534/genetics.114.173807
Katrín Halldórsdóttir and  Einar Árnason 2015. Whole-genome sequencing uncovers cryptic and hybrid species among Atlantic and Pacific cod-fish. BioRxiv,  doi:10.1101/034926.
Fernando Racimo 2015. Testing for ancient selection using cross-population allele frequency differentiation. Genetics 202:733-750.
Joshua G. Schraiber and Steven N. Evans and Montgomery Slatkin 2016. Bayesian inference of natural selection from allele frequency time series. Genetics 203: 493-511. doi:10.1534/genetics.116.187278

Við ráðningu í störf í Háskóla Íslands er tekið mið af jafnréttisáætlun skólans.

Vakin er athygli á málstefnu Háskóla Íslands.

Á Verkfræði- og náttúruvísindasviði starfa 360 manns við rannsóknir og kennslu á sviði verkfræði og náttúruvísinda. Starfsumhverfið er alþjóðlegt enda eykst sífellt hlutfall erlendra starfsmanna og nemenda við sviðið, en fjórðungur bæði starfsmanna og framhaldsnema eru erlendir. Nemendur Verkfræði- og náttúruvísindasviðs eru um 2300 talsins í sex deildum. Þar af eru 350 í meistaranámi og 150 í doktorsnámi.  Rannsóknarstofnanir sviðsins eru Jarðvísindastofnun og Eðlisvísindastofnun sem tilheyra báðar Raunvísindastofnun, Líf- og umhverfisvísindastofnun, Verkfræðistofnun og Stofnun Sæmundar fróða sem er þverfræðileg stofnun og heyrir undir öll fræðasvið háskólans. 
Háskóli Íslands er stærsta kennslu-, rannsókna- og vísindastofnun Íslands og er í hópi 250 bestu háskóla heims samkvæmt nýjum matslista Times Higher Education.